--SPIDEY version 1.35--
Genomic: lcl|AL954739.9 CH211-192K9 (2003-04-30 01:30:52), 154604 bp
mRNA: gi|50604213|gb|BC078213.1| Danio rerio si:ch211-192k9.1, mRNA (cDNA clone MGC:100922 IMAGE:7145374), complete cds AQP4.1, 1040 bp
Strand: minus
Number of exons: 5
Exon 1(-): 94215-94267 (gen)  1-53 (mRNA)  id 94.3% mismatches 3 gaps 0  splice site (d  a): 1  0
Exon 2(-): 88826-89246 (gen)  54-474 (mRNA)  id 100.0% mismatches 0 gaps 0  splice site (d  a): 1  1
Exon 3(-): 85302-85466 (gen)  475-639 (mRNA)  id 100.0% mismatches 0 gaps 0  splice site (d  a): 1  1
Exon 4(-): 80893-80973 (gen)  640-720 (mRNA)  id 100.0% mismatches 0 gaps 0  splice site (d  a): 1  1
Exon 5(-): 70864-71159 (gen)  721-1016 (mRNA)  id 100.0% mismatches 0 gaps 0  splice site (d  a): 0  1
Number of splice sites: 4
mRNA coverage: 100%
overall percent identity: 99.7%
Missing mRNA ends: neither 
Non-aligning poly(A)+ tail length: 28

Genomic: lcl|AL954739.9 CH211-192K9 (2003-04-30 01:30:52)
mRNA: gi|50604213|gb|BC078213.1| Danio rerio si:ch211-192k9.1, mRNA (cDNA clone MGC:100922 IMAGE:7145374), complete cds AQP4.1
Exon 1: 94267-94215 (gen)  1-53 (mRNA)


CACACTGAGCTGACAGTCAGTCTGAGGAGGAATGACAAGCTGTGGAGCCCTGGACACATT
           |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
          GGGGAGTCAGTCTGAGGAGGAATGACAAGCTGTGGAGCCCTGGACACATT
                               M  T  S  C  G  A  L  D  T  F 


CAGGTGAGTTCAA
|||
CAG
  R 


Exon 2: 89246-88826 (gen)  54-474 (mRNA)


TCCTTTTAAGGAGGTGCGTGTCGTCTTGCTCATGCAATAACAGTATCATGGCAGCCTTTA
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
          GAGGTGCGTGTCGTCTTGCTCATGCAATAACAGTATCATGGCAGCCTTTA
            R  C  V  S  S  C  S  C  N  N  S  I  M  A  A  F 


AAGGTGTGTGGACTCAGGAATTCTGGCGGGCGGTTTCCGGAGAGTTTTTGGCCATGATAA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AAGGTGTGTGGACTCAGGAATTCTGGCGGGCGGTTTCCGGAGAGTTTTTGGCCATGATAA
K  G  V  W  T  Q  E  F  W  R  A  V  S  G  E  F  L  A  M  I 


TATTCGTGCTGCTCAGTCTTGGATCCACCATCAACTGGGGAGCAAAACAGGAGAACCCTC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TATTCGTGCTGCTCAGTCTTGGATCCACCATCAACTGGGGAGCAAAACAGGAGAACCCTC
I  F  V  L  L  S  L  G  S  T  I  N  W  G  A  K  Q  E  N  P 


CACCCGCCGACCTTGTCCTCATCTCCCTTTGCTTTGGCTTGTCCATCGCAACCCTCGTCC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CACCCGCCGACCTTGTCCTCATCTCCCTTTGCTTTGGCTTGTCCATCGCAACCCTCGTCC
P  P  A  D  L  V  L  I  S  L  C  F  G  L  S  I  A  T  L  V 


AGTGTTTCGGGCACATCAGCGGCGCCCACATCAACCCGGCCGTTACTGTGGCAATGGTTG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AGTGTTTCGGGCACATCAGCGGCGCCCACATCAACCCGGCCGTTACTGTGGCAATGGTTG
Q  C  F  G  H  I  S  G  A  H  I  N  P  A  V  T  V  A  M  V 


CTACACGGAAGCTGAGTCTGGCGAAGGGTGTGTTTTATTTGTTGGCACAGTGTTTGGGGG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTACACGGAAGCTGAGTCTGGCGAAGGGTGTGTTTTATTTGTTGGCACAGTGTTTGGGGG
A  T  R  K  L  S  L  A  K  G  V  F  Y  L  L  A  Q  C  L  G 


CAGTAGTGGGAGCAGCCATCTTGTATGGAGTGACACCGGCGTCAGTGAGAGGAGGAATGG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CAGTAGTGGGAGCAGCCATCTTGTATGGAGTGACACCGGCGTCAGTGAGAGGAGGAATGG
A  V  V  G  A  A  I  L  Y  G  V  T  P  A  S  V  R  G  G  M 


GAGTGACGTCTGTGAGTATTG
|||||||||||
GAGTGACGTCT
G  V  T  S 


Exon 3: 85466-85302 (gen)  475-639 (mRNA)


CCCCCTGCAGGTTAATGAAGAGATCTCCGCTGGTCATGCTATTGTGATAGAGCTCATAAT
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
          GTTAATGAAGAGATCTCCGCTGGTCATGCTATTGTGATAGAGCTCATAAT
           V  N  E  E  I  S  A  G  H  A  I  V  I  E  L  I  I 


CACTTTTGAGCTTGTTTTCACTGTCTTTGCTACCTGTGACCCCAAGCGTAATGATCTCAA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CACTTTTGAGCTTGTTTTCACTGTCTTTGCTACCTGTGACCCCAAGCGTAATGATCTCAA
  T  F  E  L  V  F  T  V  F  A  T  C  D  P  K  R  N  D  L  K 


AGGTTCGGCAGCACTGGCTATTGGTCTGTCTGTGTGCATCGGCCATCTCTTTGCGGTGAG
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AGGTTCGGCAGCACTGGCTATTGGTCTGTCTGTGTGCATCGGCCATCTCTTTGCG
  G  S  A  A  L  A  I  G  L  S  V  C  I  G  H  L  F  A 


TATGT

Exon 4: 80973-80893 (gen)  640-720 (mRNA)


TGCATTTCAGATCCCGTACACTGGGGCCAGTATGAATCCAGCTCGCTCTTTTGGTCCCGC
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
          ATCCCGTACACTGGGGCCAGTATGAATCCAGCTCGCTCTTTTGGTCCCGC
           I  P  Y  T  G  A  S  M  N  P  A  R  S  F  G  P  A 


AGTCATCATGGTAAAATGGCAGGACCATTGGGTAAGATTTT
|||||||||||||||||||||||||||||||
AGTCATCATGGTAAAATGGCAGGACCATTGG
  V  I  M  V  K  W  Q  D  H  W 


Exon 5: 71159-70864 (gen)  721-1016 (mRNA)


TCTCTCTCAGGTGTACTGGGTGGGCCCTTTAATAGGAGGAATCCTTGCTGCAGCTGTATA
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
          GTGTACTGGGTGGGCCCTTTAATAGGAGGAATCCTTGCTGCAGCTGTATA
           V  Y  W  V  G  P  L  I  G  G  I  L  A  A  A  V  Y 


TGAATACCTCTTCTGTCCTGACCCTGACCTGAAGCGCCGCTATGCTGACGTCCTCTCCAA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TGAATACCTCTTCTGTCCTGACCCTGACCTGAAGCGCCGCTATGCTGACGTCCTCTCCAA
  E  Y  L  F  C  P  D  P  D  L  K  R  R  Y  A  D  V  L  S  K 


GAGCCCCTTCCAGATGGAGCCATATCGAGTGGTGGACACAGACTCGTACCCCAGCGATCA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GAGCCCCTTCCAGATGGAGCCATATCGAGTGGTGGACACAGACTCGTACCCCAGCGATCA
  S  P  F  Q  M  E  P  Y  R  V  V  D  T  D  S  Y  P  S  D  Q 


GGCTCAGCTCATGGCCAAGCAGGCGGCACTCAGAGTGCTGGATTTGGAGAAGAAGGAGCG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GGCTCAGCTCATGGCCAAGCAGGCGGCACTCAGAGTGCTGGATTTGGAGAAGAAGGAGCG
  A  Q  L  M  A  K  Q  A  A  L  R  V  L  D  L  E  K  K  E  R 


CGAGTCCACCGGAGAGGTGCTGTCATCCGTATGACTAGTGAGAAGCACTGAGGAGGAACA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CGAGTCCACCGGAGAGGTGCTGTCATCCGTATGACTAGTGAGAAGCACTGAGGAGGAACA
  E  S  T  G  E  V  L  S  S  V  * 


ACAAAACACAATGCAA
||||||
ACAAAA